近期，某上市公司发布《2025年业绩快报》，披露其子公司面临的一项涉税争议：
国家税务总局东莞市税务局洪梅税务分局（以下简称“洪梅税务分局”）于2023年11月向公司下属子公司东莞富之源作出东税洪梅处[2023]1号《税务处理决定书》（以下简称“《决定书》”），认定东莞富之源对免税项目菜粕等对应增值税不得抵扣进项税额计算不准确。东莞富之源对《决定书》持有异议，先后提起了行政复议和行政诉讼。东莞富之源于2025年6月24日收到广东省东莞市第一人民法院一审《行政判决书》，驳回东莞富之源的诉讼请求，东莞富之源不服一审判决已经提起上诉，本案在二审审理中，目前一审判决并未生效。根据企业会计准则要求的谨慎性原则，东莞富之源将依据洪梅税务分局的《决定书》和《责令限期改正通知书》认定和计算的2012年7月1日至2025年12月31日期间内少计的不可抵扣进项税额转出至当期主营业务成本，并同步将补缴的增值税附加税税款及滞纳金计入当期损益，导致公司2025年年度净利润减少约人民币4.72亿元。
根据该公司《2025年半年度报告》，相关涉税争议具体情况如下：
于2023年11月17日，本集团之子公司东莞市富之源饲料蛋白开发有限公司（以下简称“东莞富之源”）收到国家税务总局东莞市税务局洪梅税务分局（“主管税局”）的税务处理决定书（“《决定》”），认定东莞富之源2012年7月1日至2022年6月30日期间（“该期间”）对免税项目增值税不得抵扣进项税额的计算不准确，造成少计增值税不得抵扣进项税额以及多办理增值税增量留抵退税，要求东莞富之源调整转出该期间少计算的不得抵扣进项税额人民币3.93亿元，并按照调整结果追缴少缴的增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加及滞纳金合计人民币1.21亿元。
于2024年4月17日，国家税务总局东莞市税务局作出行政复议决定书（“《复议决定》”），根据《中华人民共和国行政复议法》第六十八条的规定，决定维持主管税局的行政行为。东莞富之源在收到《复议决定》之后，于2024年4月28日依法向东莞市第一人民法院以主管税局及国家税务总局东莞市税务局作为被告，提起行政诉讼，诉请撤销《决定》和《复议决定》，并责令主管税局将东莞富之源缴交的共计1.21亿元税款及滞纳金退回给东莞富之源。东莞市第一人民法院于2024年7月9日出具（2024）粤1971行初1185号受理案件通知书，并于2024年8月26日进行了一审的开庭审理。
于2025年6月24日，东莞富之源收到东莞市第一人民法院出具的（2024）粤1971行初1185号行政判决书（“《一审判决》”），判决结果为：驳回原告东莞富之源的诉讼请求。东莞富之源在收到《一审判决》之后，已于2025年7月8日依法向广东省东莞市中级人民法院提起上诉，请求撤销《一审判决》，并依法改判支持东莞富之源的一审全部诉讼请求或者将案件发回重审。
于2025年7月31日，东莞富之源根据2025年6月收到的主管税局的责令限期改正通知书（“《通知书》”）的要求，先行缴纳了2022年7月1日至2025年6月30日期间的增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加及滞纳金合计人民币0.86亿元。东莞富之源本次缴税系履行主管税局的《通知书》的要求，东莞富之源仍将在广东省东莞市中级人民法院二审期间维持一审的诉讼请求（包括请求撤销《决定》、《复议决定》、责令主管税局退回税款及滞纳金等）。
根据增值税相关规定，用于免税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。如果一般纳税人购进应税项目，既用于应税项目，又用于免税项目，导致无法划分可抵扣进项税额和不可抵扣进项税的，应当按照公式计算不得抵扣的进项税额：不得抵扣的进项税额＝当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额÷当月全部销售额。但是在具体计算时存在三个问题，一是公式中的全部销售额是否含税？二是如果全部销售额不含税，那么免税项目销售额是否应当作不含税换算？三是如果无法划分进项税额对应的购进项目没有用于相关销售项目，相关销售项目的销售额是否参与全部销售额的计算？
对于问题一，在原《增值税暂行条例》、现《增值税法》中有明确定义，即“销售额为纳税人发生应税销售行为收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额”。因此增值税制度中所称销售额，应当理解为不含税销售额。对于问题二，国家税务总局曾作出两个批复，《国家税务总局关于分摊不得抵扣进项税额时免税项目销售额如何确定问题的批复》（国税函[1997]529号）规定，“纳税人在计算不得抵扣进项税额时，对其取得的销售免税货物的销售收入和经营非应税项目的营业收入额，不得进行不含税收入的换算”。《国家税务总局关于江西德兴铜矿有关税收业务问题的批复》（国税函[1998]391号）亦规定，“关于铜矿的免税收入如何确定基数计算分摊进项税金的问题。由于增值税实行的是价外税，对于销售免税货物而言，其取得的收入为不合（笔者注：应为“含”）税收入，因此在确定不得抵扣进项税额时，应当以免税货物实际销售额占全部货物和应税劳务销售额的比例划分”。对于问题三，从文义角度理解，全部销售额并未作任何例外规定，似乎不应将任何销售额从中扣除。
问题到这里似乎已然非常明朗，但实践中却仍有不同做法，尤其涉及到问题二。这种做法是否全然没有道理，应该承担漏税甚至偷税的法律责任？笔者认为，从增值税原理角度来看，国税函[1997]529号和国税函[1998]391号仍有待商榷。税款的转嫁性并不取决于税种的价外税属性，转嫁是一种经济方面的考量，无论是价内税还是价外税，纳税人承担后均可调整售价，以转嫁经济负担，价外税只是为税款转嫁提供了一种清晰的计算方式。因此，纳税人销售的货物无论应税还是免税，对购进负担的进项税额，都必然试图通过调整售价的方式转嫁给下游。所以免税货物的价格并非货物价值本身的外在体现，其中依然存在转嫁，例如纳税人购进应税原材料，含税价格为113元，税率13%，加工成应税产品，含税价格为226元，税率13%，则纳税人应当缴纳增值税13元，利润为100元。如果产品税收政策调整为免税，那么在不考虑下游情况的前提下，纳税人产品售价应当至少为213元，才能实现和过去相同的利润。产品的价值一直是200元，增加的26元或13元都是出于税务方面的考量而进行的转嫁。此时如果对应税销售额考虑转嫁因素，以不含税价格计入公式，而对免税销售额不考虑转嫁因素全额计入公式中，就会出现错配，放大了免税项目的价值。
更进一步来讲，以销售额占比划分不得抵扣进项税额，本身也是值得探讨的。进项税额能否抵扣，应当考察其实际用途和去向，而用途与销售额并无本质关联。免税项目销售额高不意味着其使用的进项税额必然多，而销售额低也不意味着使用的进项税额必然少，在划分不得抵扣进项税额时，尤其是原材料的进项税额划分，更宜采用耗用比例法分摊，而非销售额占比法。
